В большинстве случаев все должно сработать нормально (зависит от степени повреждения таблицы). MyISAM таблицы будут проверяться при каждом запуске сервера и, если необходимо, будут самостоятельно чиниться. При серьезных поломках возможна потеря данных, но если таблица уже чинилась, то для нее будет сделан бэкап до починки. Если проблемы с таблицами возникают часто, то лучше поискать причину поломок и устранить ее.